De eerste vrouwelijke, Amerikaanse president, Sally Sheridan, wordt tijdens haar toespraak op Veterenanendag vermoord door een sluipschutter. Terwijl de geheime dienst hem op de hielen zit, weet de moordenaar ternauwernood te ontsnappen.

Drie maanden later stuit een ouderlijk stel op een gewonde parachutist in een boom. De jongeman, Dorff, kan zich niets meer herinneren, de enige vorm van identificatie is de tatoeage 'XIII' in zijn nek.

Wanneer de geheime dienst melding krijgt over de gewonde man, wordt een speciale eenheid ingezet om hem te traceren. Instinctief, en vol adrenaline, weet XIII de soldaten een voor een uit te schakelen.

Tijdens zijn vlucht begint zijn geheugen langzaamaan terug te komen. Wanneer hij wordt gevangen, ontdekt XIII dat hij een gestolen identiteit heeft en zijn eigen identiteit alleen terug kan krijgen door als lokaas te dienen.

Wat volgt is een bloedstollend kat-en-muisspel